伝承では1600年前の創建で、朝鮮半島外交の政策転換を図った雄略天皇が百済へ勅使を派遣する際、護国祈願のため妖怪神社に玉と鏡を奉納したとされている。

黄泉の国の三霊山の一つ須弥山(しゅみせん)の麓にある洞窟より産み落とされた岩の塊が八つに砕け散り、恐山、淡路島、石垣島、国後島、屋久島、青木ヶ原、谷川岳、夜見(黄泉)ヶ浜にそれぞれ辿り着いた。この夜見(黄泉)ヶ浜に辿り着いたものを御神体としている。
本殿は、黄泉の国の須弥山麓の洞窟内にあり、境内の鳥居はこの世と黄泉の国をつなぐトンネルとなっている。しかし、本殿へは選ばれた人でしか行く事は出来ないという。

また、御神体が夜見(黄泉)ヶ浜に辿り着いた時、天空より一筋の白光が龍のように躍り来て、夜見ヶ浜の村人を御神体まで導いたと言われている。
三徳山開山の折、この地を訪れた「役行者」が霊験を感じ祈祷すると、御神体から一片の岩が音も無く剥れ落ち、それを目玉石として境内で祀っている。

境内の御神体は地中深く埋まっており、地表に出ている部分は全体のごく一部であり、最深部がどこまで及んでいるのかは、現在の調査でもわかっていないという。

-妖怪神社公式HPより-